Não tenho certeza se isso funcionará com a WUBI, mas funciona com instalações regulares.
Inicialize a partir do seu CD ou USB. Na tela inicial, clique em Experimente o Ubuntu sem instalar.
Abra a pasta inicial com o iniciador. À direita da janela que é aberta, você verá seu disco rígido listado como "(xx) GB Filesystem". Ao abrir esse sistema de arquivos, você poderá ver todas as pastas no disco rígido. Uma das pastas vai dizer "casa", se você pode ver os arquivos Wubi .. quando você abrir o arquivo, você verá o seu nome de usuário, abra esse arquivo e todos os seus arquivos pessoais devem estar lá.
Se isso funcionar, basta salvar os arquivos em um usb, então você pode reinicializar o Windows e usar o "Adicionar Remover Programas" para desinstalar o Wubi.
Apenas certifique-se de que, quando você fizer uma instalação completa, selecione a opção "instalar ao lado do Windows", se você selecionar a outra, a instalação do Windows será limpa.
As instruções completas do site do Ubuntu estão aqui .... Instalando o Ubuntu Desktop
Eu tenho que adicionar aqui, se você inicializar o Ubuntu a partir de um USB você precisará de outro USB para salvar seus arquivos, o USB com o Ubuntu instalado nele não estará acessível enquanto você estiver inicializando a partir dele.
{edit} Eu acabei de encontrar essa resposta para uma pergunta semelhante, ela diz como tentar reparos de sua instalação no Wubi se você quiser tentar. link {edit}