Do WubiGuide: link
Nunca tente corrigir problemas de inicialização do Wubi reinstalando o Grub2. Isso impedirá que o Windows seja inicializado e não consertará a instalação do Wubi.
O Ubuntu não pode ser inicializado se o Windows não tiver sido encerrado corretamente, você terá que limpar o sistema de arquivos do Windows do Windows (ainda não há chkdsk equivalente para o Linux).
Se o Wubi não iniciar,
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inicialize no Windows
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execute o chkdsk / r do Windows na mesma unidade em que você instalou Ubuntu
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encerre de forma limpa e tente inicializar o Ubuntu novamente.
Observe que, às vezes, os arquivos são movidos pelo Windows para uma pasta oculta chamada C: \ found.000.
Você precisa ter C: \ ubuntu \ disks \ root.disk. Se você não vir este arquivo, procure por found.000. Você precisa alterar as configurações do Windows Explorer para poder ver pastas ocultas primeiro e, em seguida, mover os arquivos de found.000 para o local original. Às vezes, o diretório \ ubuntu \ disks inteiro pode ser recuperado para \ found.000 em uma pasta chamada dir0000.chk.
Os dados da instalação do Wubi não podem ser recuperados ao inicializar o Ubuntu a partir do USB. Isso ocorre porque o Wubi não cria partições separadas para o Ubuntu, mas mantém tudo em um arquivo grande C: \ ubuntu \ disks \ root.disk dentro da partição do Windows. Se este arquivo estiver danificado ou excluído, a recuperação dependerá do reparo ou exclusão do arquivo danificado usando as ferramentas do Windows.
Espero que isso ajude.