Você pode criar um script que exclua os dois arquivos e configure-o para ser executado na inicialização.
Algo parecido com isto:
#!/bin/bash
rm /home/vas/.config/deluge/ipc/deluge-gtk
rm /home/vas/.config/deluge/ipc/deluge-gtk.lock
Você precisará colocar seus scripts em /etc/init.d/
.
Veja: link
Veja também um breve tutorial sobre como bash script: link