Não sei se você ainda está procurando uma solução, mas esta artigo descreve como fazer o que você queria. Eu me deparei com a sua pergunta e o artigo quando eu estava procurando por uma solução. Funcionou para mim no Win7 e esperamos que também funcione no Ubuntu.
Etapas:
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Inicie o VLC. Clique em "Ferramentas" na barra de menu superior, clique em "Preferências" para abrir a seção de preferências do VLC.
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Clique no botão de opção ao lado de "Todos" no canto inferior esquerdo para exibir a seção "Configurações avançadas" do VLC. Clique na seta ao lado de "Interfaces" na coluna à esquerda e, em seguida, clique em "Configurações das teclas de atalho".
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Clique na caixa de texto ao lado do tamanho do salto que você deseja alterar na seção "Tamanhos de salto". Digite o período de tempo, em segundos, que você deseja definir como o tamanho do salto. Repita o processo para todos os comprimentos de salto que você deseja alterar.
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Clique em "Salvar" para aplicar os novos horários de pulo e feche a janela "Preferências".