A razão para isso é que o Muon Software Center não adicionou suporte para os repositórios comerciais que o Ubuntu Software Center pode acessar.
Devido ao fato de que esses repositórios não contêm coisas que são livremente distribuíveis para qualquer pessoa, eles não usam o formato de repositório padrão que é suportado por todos os gerenciadores de pacotes (incluindo Muon.) o conteúdo a ser pesquisado antes dos repositórios serem adicionados, com um mecanismo para adicionar os repositórios e receber pagamento.
Atualmente, o Muon Software Center não suporta esse novo tipo de repositório e, portanto, nenhum dos aplicativos disponíveis nesses repositórios pode ser acessado usando-o. Neste momento você terá que usar o Ubuntu Software Center para ter acesso a eles.
Obrigado,
James