Isso deve funcionar, mas é melhor você ir andando * até uma das máquinas Windows em questão, montar a outra e fazer a transferência diretamente.
* Ou a área de trabalho remota / telnet / o que o Windows usa para administração remota nos dias de hoje.
Usando o seu método, você está enviando tráfego através do seu computador e, francamente, o Samba não é tão rápido no Ubuntu. Se você trouxer de volta para uma transferência do Windows com apenas dois computadores, provavelmente conseguirá taxas melhores.
Se isso é algo que você precisa fazer regularmente, talvez queira instalar o servidor FTP e o software cliente que suportam o FXP. Isso (essencialmente) permite conexões diretas entre dois servidores FTP para transferir arquivos.