O Wubi usa o Grub4Dos (wubildr.mbr). Parte do seu trabalho é encontrar o segundo estágio (wubildr). Ele procura em todas as partições e gera um diagnóstico se não puder encontrá-lo.
Algo como isso significaria que a primeira partição é FAT32 e não há / wubildr:
Try (hd0,0): FAT32: No wubildr
Isso não é um erro. Você pode copiar o wubildr para a raiz da primeira partição para pará-lo mostrando ou apenas ignorá-lo (minha recomendação).
Existe outra mensagem que aparece em todas as instalações do Wubi:
Error: 'prefix' not set
Não há nada que você possa fazer para se livrar disso. (Sem soluções conhecidas). Está registrado como um bug . Meu conselho, é ignorá-lo, ou instalar um dual boot normal se incomoda tanto assim.