Tente definir seu disco rígido externo como dispositivo de inicialização principal, em vez da opção de menu de inicialização F12.
Acabei de instalar o Ubuntu 11.10 x64 em uma partição de 200Gb do meu HDD USB externo de 2 TB. Tudo correu bem. Depois de reiniciar o computador, eu tentei apertar F12 e escolher o hdd usb. Algo como "Carregando sistema operacional" apareceu, então ele inicializou no Windows. O que fiz de errado?
Tente definir seu disco rígido externo como dispositivo de inicialização principal, em vez da opção de menu de inicialização F12.