Em primeiro lugar, isso não é o cache do sistema. O cache do sistema é um cache que reside na memória e ocupa a memória física que não é usada pelos aplicativos.
Esta é uma pasta .cache dentro do seu diretório pessoal, portanto, não é de todo o sistema. Você pode, se precisar do espaço, deletá-lo com segurança (somente um programa que não funciona seria morto se você excluir coisas colocadas em ~ / .cache).
Para responder a sua pergunta, o deja-dup é uma ferramenta de backup fornecida pelo Ubuntu. O cache provavelmente ajuda a rastrear todos os arquivos em seus conjuntos de backup. Provavelmente, ele economiza um pouco de tempo gerando novamente essas informações toda vez que o processo de backup é iniciado. Cada arquivo em seus conjuntos de backup, aparentemente, tem assinaturas armazenadas em um cache.
5G parece muito, no entanto. Se você não usa o deja-dup, ou não se preocupa em perder o cache e ficar muito mais lento na próxima vez que for iniciado, você poderá excluí-lo.