Acho que não consigo entender seu problema. O que seu sistema faz quando não consegue inicializar? Você vê alguma mensagem de erro?
Como o seu disco externo está conectado? Se é USB, você está inicializando explicitamente a partir de USB ou a prioridade de inicialização do USB é superior ao HDD interno?
Estou pensando que o initrd e o vmlinuz seriam os mesmos em uma unidade externa ou interna ... mas também estou aprendendo sobre o Grub2 também.
Finalmente, tente usar o grub2 na unidade externa em vez de grub4dos.
Boa sorte,
Randy