Você precisa especificar a chave
ssh-copy-id -i .ssh/id_rsa.pub [email protected]
Veja link para detalhes / informações adicionais.
Você não pode usar ssh-copy-id
para transferir sua chave, a menos que você possa efetuar login por meio de outro método (por exemplo, senha).
Se você não consegue ler a chave, então, além disso, você tem um problema de permissão. A chave deve ser de propriedade de seu usuário (não raiz) e permissões de 400 ou 440.