Existem muitas razões pelas quais isso pode estar ocorrendo. Sendo que você disse que você o usa para inicializar muitas distribuições, pode ser que seu sistema de arquivos esteja incorreto e esteja causando o problema. A outra razão pela qual pode não estar funcionando é porque o disco USB está esgotado. Constantemente ler e escrever com o tempo pode levar ao fim da vida do USB.