O que você precisa fazer é usar o Chromium e não o Chrome. Isso ocorre porque o Chrome não inclui o Ubuntu em seu useragent, mas o Chromium.
A maneira mais fácil de fazer isso e manter o canal de desenvolvimento, é usar o PPA .
Claro que isso não é ideal, esperamos que em breve uma nova versão do apt.ubuntu.com seja lançada e funcione com o Chrome.