Você não precisa necessariamente apagar a partição do Windows. Basta inicializar o CD do Windows e clicar em "Reparar o seu computador". Você terá que restaurar o Grub2 depois (veja a página wiki do ubuntu do grub2).
Como você não pode, colocar os SOs em dispositivos diferentes é provavelmente a decisão mais inteligente devido a falhas no disco rígido. Coloque o Grub2 no primeiro disco rígido, o Windows no segundo dessa maneira, ambos poderão ser inicializados independentemente.
Você poderia também experimentar com RAID para dados ou mesmo para sua partição Ubuntu.