A versão apache2 que foi publicada quando o lançamento do Ubuntu 14.04 foi feito é 2.4.7 e, a partir desta versão, parece que, por razões de segurança, o novo diretório raiz do servidor é:
/var/www/html
Então, a partir de agora, é onde você deve colocar os arquivos para o seu site (local). Você não deve ter esse problema novamente com as futuras atualizações.
De qualquer forma, se você quiser alterar este diretório com outro, você deve modificar (como root) a seguinte linha do arquivo /etc/apache2/sites-available/000-default.conf
( sudo nano /etc/apache2/sites-available/000-default.conf
):
DocumentRoot /var/www/html
para
DocumentRoot /path/to/another/directory
Depois disso, para que as novas alterações entrem em vigor, você deve reiniciar o servidor apache usando o seguinte comando:
sudo service apache2 restart