Eu resolvi o problema iniciando o Ubuntu no modo upstart. O modo Upstart me deu um erro sobre o fstab que eu editei há algum tempo para montar outro disco rígido. Depois de excluir manualmente o UID do segundo disco rígido do fstab, o sistema iniciou a inicialização corretamente.
Talvez o BIOS estivesse tentando ler o segundo disco rígido o tempo todo por causa do fstab e é por isso que o reparo de inicialização me deu o erro sobre "os arquivos de inicialização estão longe do início do disco"