Eu encontrei exatamente o mesmo problema! Eu atualizei de 14.04LTS para 16.04LTS cerca de um mês atrás, e tudo correu muito bem. Recentemente, no entanto, nenhuma borda de painel ou janela mais!
Eu tentei, como sugerido em vários posts, para redefinir a configuração:
dconf reset -f /org/compiz/
setsid unity
Eu tentei reinstalar a unidade e compiz,
sudo apt-get autoremove --purge ubuntu-desktop compiz* unity*
sudo apt-get install ubuntu-desktop compiz unity
Eu tentei remover os arquivos de configuração dos diretórios ocultos do usuário local
sudo service lightdm stop
rm ~/.config/dconf/user
rm -fr ~/.cache/compizconfig-1
rm -fr ~/.compiz
rm -fr ~/.Xauthority
rm -fr ~/.config/autostart
sudo service lightdm start
Da mesma forma, habilitei o plug-in Unity no CCSM, mas isso não é permanente, pois, ao reabrir o CCSM, o plug-in do Unity aparece desmarcado, mesmo quando aberto com o admin. direitos.
Infelizmente, todas essas tentativas falharam na restauração das bordas de painel e janela. Eu acho que isso é um problema com compiz, o gerenciador de janelas, mas não tenho idéia de como consertá-lo. Qualquer idéia bem-vinda;)