Eu observo que isso só acontece depois de pressionar acidentalmente os atalhos no VTE (o terminal embutido). Mesmo depois de mudar o foco de volta para o editor principal, esses atalhos ainda não funcionam.
Para corrigir, acesse Editar - > Preferências - > Terminal e, em seguida, desmarque a opção "Substituir atalhos de teclado Geany". No entanto, isso desabilitará todas as combinações de teclas do terminal, incluindo Ctrl + C para SIGINT. Se você não quiser isso, terá que reiniciar o Geany toda vez que ele não funcionar.
Este bug foi arquivado aqui , mas foi fechado como "não corrigido". Parece estar afetando apenas o Unity, e para citar Lex Trotman ,
% bl0ck_qu0te%Eu relatei isso no Launchpad .