Você pode adicionar o script para ser executado no começo com:
sudo mv /sciptname /etc/init.d/
sudo chmod +x /etc/init.d/scriptname
sudo update-rc.d scriptname defaults
Eu editaria o script:
#!/bin/bash
sudo apt-get update > /var/log/updatelog
sudo apt-get dist-upgrade -y >> /var/log/updatelog
Em seguida, a saída vai para o arquivo /var/log/updatelog
, para que você possa ver se algo está errado.
No entanto, uma maneira melhor seria usar unattended-upgrades
:
sudo apt-get install unattended-upgrades
sudo dpkg-reconfigure unattended-upgrades