apt-get update
apenas atualiza seus repositórios.
apt-get dist-upgrade
atualiza seus pacotes com resolução inteligente de conflitos, mas não atualizará sua distro para 13.04.
apt-get autoremove
removerá todos os pacotes que não são mais necessários pelo sistema, como dependências que não são mais necessárias.
Então, em suma, os comandos atualizarão seu sistema com os pacotes mais recentes para sua distro (Ubuntu 12.04) e limparão e removerão quaisquer pacotes desnecessários.