Eu tive o mesmo problema no meu laptop, que tem um sistema de disco bastante lento em comparação com o restante do computador.
Consegui melhorar muito isso, alterando o algoritmo de agendamento usado para transferências de disco. Por padrão, o Ubuntu usa Deadline, mas acho que meu sistema responde mais rápido quando eu uso o cfq.
Para ver o agendador que você está usando, emita o comando
cat /sys/class/block/sda/queue/scheduler
Para fazer uma alteração única (até a reinicialização), emita o comando
echo cfq | sudo tee /sys/class/block/sda/queue/scheduler
Note que é importante que a mudança seja feita para o que você tem para o seu disco rígido externo; O meu geralmente é carregado como sdb. então eu lançaria o comando echo cfq | sudo tee /sys/class/block/sdb/queue/scheduler
Eu faço a minha mudança permanente para todas as unidades anexadas ao meu computador, adicionando o parâmetro de kernel elevator=cfq
no meu arquivo grub, que é assim:
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet splash noautogroup elevator=cfq"