Você já tentou:
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Name=Appy
Comment=
Exec=/home/[username]/path/file.py
Icon=/usr/share/icons/hicolor/48x48/apps/pic.jpeg
Path=/home/[username]/path
Terminal=false
StartupNotify=false
Talvez tente terminal = false .. Eu tenho um script que roda usando esta configuração com terminal falso e você pode querer adicionar a linha de caminho