Eu não tenho nenhum problema com o Nautilus, mas eu estou acostumado com o Midnight Commander e seria maravilhoso se eu pudesse ter ambos trabalhando juntos.
Você pode instalá-lo facilmente no seu sistema, abrindo um terminal e digitando
sudo apt-get install mc
ou procure por mc ou midnight commander no Ubuntu Software Center.
Depois de instalá-lo, basta abrir o painel e procurá-lo
evocêpodefixá-lonoiniciadordoUnitysimplesmentearrastandooíconedoMidnightCommanderparaaposiçãodesejada
Sim, você pode rodar quantos quiser. Exemplos: Nautilus, Commander, Dolphin etc ... Abaixo está um link listando os mais comuns usados no Linux.
Sim, estou usando o Nautilus (padrão no Ubuntu 11) e o Dolphin juntos e funciona perfeitamente.