Existe um pacote .deb
dessa versão aqui
Você pode clicar no arquivo .deb
para fazer o download ou fazer isso:
wget http://launchpadlibrarian.net/190682664/bowtie2_2.2.4-2_amd64.deb
E, em seguida, verifique se você tem as dependências:
sudo apt-get install libc6 libgcc1 libstdc++6
(provavelmente toda a versão mais recente já)
Em seguida, instale:
sudo dpkg -i bowtie*
mas esta versão antiga pode não funcionar bem no seu sistema e não será atualizada ...