O MySQL é um banco de dados e é esperado que você interaja com o banco de dados por meio de ferramentas (MySQL Workbench, a ferramenta de linha de comando mysql , etc.) em vez de interagir diretamente com os arquivos no disco.
Para fazer um backup, por exemplo, você faria um despejo de SQL do seu banco de dados em vez de copiar os próprios arquivos de banco de dados.
Para localizar os arquivos, execute o comando SQL show variables where Variable_Name = "datadir" - mas, novamente, você não deve interagir diretamente com esses arquivos regularmente.