Você pode tentar reiniciar o módulo responsável por ele. Eu não tenho um touchpad, então não posso te dizer o que será, mas você pode descobrir quais módulos são carregados usando:
lsmod
desta saída, se você puder identificar o módulo (talvez se você postar a lista aqui, alguém pode adivinhar mais), e você poderá remover o módulo:
sudo modprobe -r [module name]
verifique seu dmesg, ou apenas deixe seu computador alguns segundos para permitir que o módulo descarregue e, essencialmente, elimine o hardware e, em seguida, adicione-o novamente:
sudo modprobe -a [module name]
No entanto, algo intermitente como esse parece mais relacionado ao hardware.