Eu diria que isso parece ok. As fontes de pacotes baseadas em CD ausentes são simplesmente ignoradas. Os pacotes correspondentes também estão disponíveis em fontes on-line.
Observe que apt-get update
apenas atualiza o índice do pacote local, ou seja, ele faz metadata sobre pacotes disponíveis localmente. Não atualiza seu sistema.
Para atualizar seu sistema, você deve executar o seguinte além :
sudo apt-get upgrade