Desde o Ubuntu 10.04 (Lucid Lynx), o Skype faz parte do repositório de parceiros da Canonical. Para instalar o Skype primeiro, você precisa adicionar o repositório de parceiros da Canonical. Você pode fazer isso executando o comando
sudo add-apt-repository "deb http://archive.canonical.com/ $(lsb_release -sc) partner"
Em seguida, instale o Skype pelo Software-Center ou pelo Terminal.
sudo apt-get update && sudo apt-get install skype
É altamente recomendável usar o pacote fornecido no repositório de parceiros da Canonical, não aquele distribuído no site da Skype, pois o site da Skype aponta atualmente os usuários para o pacote errado para sistemas de 64 bits do Ubuntu 11.10 e posteriores.
Consulte esta documentação da comunidade para mais detalhes em caso de problemas.