Sua melhor aposta é reinstalar todos os pacotes e permitir que isso corrija suas permissões para você. Isso levará algum tempo, mas é a única maneira de consertar tudo.
sudo apt-get --reinstall install $(dpkg --get-selections | grep install | grep -v deinstall | cut -f1)
Você pode ver mais sobre este neste site , incluindo algumas correções para problemas comuns com a execução desse comando.
Tenha em mente que você vai querer reinicializar assim que o comando terminar ou coisas estranhas acontecerem (ou pelo menos puderem acontecer) com diferentes versões de bibliotecas.