O comando sudo rm -rf ~/.local/share/Trash/*
somente removerá o conteúdo do seu diretório Lixeira local. Além disso, para referência futura, excluir sua própria lixeira de usuário não requer privilégios de sudo.
Sua estrutura de arquivos $HOME
pode, de fato, ser excluída, como você disse, mas o comando que você postou não faria isso.