grep não substitui ou modifica arquivos. Use sed :
sed -i 's|</head>|link to JS script</head>|' *.html
Como funciona
-i informa ao sed para modificar os arquivos no lugar.
O comando sed mais importante é o substituto. Ele tem o formato s|old|new| , em que old é uma expressão regular. Aqui, substituímos </head> por link to JS script</head> .
*.html informa ao sed para operar em todos os arquivos html que o shell encontra no diretório atual.