Os aplicativos instalados provavelmente não serão afetados terrivelmente, mas como uma atualização normal, você deve desabilitar / remover quaisquer PPAs de terceiros, adicioná-los novamente após a atualização e remover quaisquer drivers de vídeo proprietários antes fazendo a atualização. E sempre faça backups de dados essenciais, importantes ou interessantes ...
Além disso, o Ubuntu-gnome 16.10 está muito próximo do fim da vida. Você deve escolher o 16.04 LTS ou o 17.04 para os upgrades.