Se você disser bash para ler os comandos de stdin , que é o que a opção -s faz e, em seguida, redirecionar seu stdin, não será mais possível fornecer entrada via stdin.
Você deveria como um script normal:
ssh [email protected] bash /root/BackupShellScript/remote.sh
E forneça /usr/local/etc/BackupShellScript/configuration.conf do seu script, em vez de usar o método cat e substituir o processo.