Parece que você está reinventando algumas rodas diferentes. O thin provisioning percorreu um longo caminho nos últimos 10 anos, mas mesmo naquela época, acho que ninguém estava querendo automatizar um instalador.
Primeiro, o imaging é o que você está procurando fazer, em algum nível. Isso é tirar um instantâneo de uma partição, ou apenas alguns arquivos, ou o que você precisa e, em seguida, extrair isso sempre que precisar.
No caso de uma VM, você teria uma imagem inteira do sistema armazenada. Para provisionar uma nova VM, você configura seu disco, dd de sua imagem no disco e, em seguida, se necessário, altera essa partição para ajustá-la ao disco (por exemplo, expandi-la).
Mas hoje em dia, se você conseguir se safar, realmente quer ver ferramentas como o LXD e o Docker. Ambos usam um pouco de tecnologia de contêiner chamado LXC. Grande parte da separação de uma VM, o dobro da velocidade e muito menos fufa. Tanto o LXD quanto o Docker estão strongmente relacionados à imagem. O Docker também faz muitas camadas (o LXD também, eu não o usei diretamente).
De qualquer maneira. Não tente fazer o script do instalador. Faça uma boa instalação, configure como você precisa e faça a clonagem.