Execute o seguinte comando:
sudo chown -R $USER: ~/.Skype
O comando devolverá a propriedade de todos os arquivos de configuração do Skype ao seu próprio usuário, já que você provavelmente executou o Skype com sudo
uma vez. Que, depois disso, o root assumiu a propriedade de alguns dos arquivos em seus arquivos de configuração e histórico.
Se você não precisa dos seus registros do Skype, você também pode remover o diretório ~/.Skype
(a renomeação seria mais segura).
mv ~/.Skype ~/.Skype.bak