Experimente o comando abaixo,
cp /path/to/notepad.exe /path/to/the/parent/directory/tools
O comando acima copia o arquivo notepad.exe do diretório (de acordo com o seu) para o diretório de ferramentas.
/path/to/notepad.exe - caminho completo do arquivo notepad.exe
/path/to/the/parent/directory/tools - caminho completo do diretório de ferramentas
Execute man cp para mais detalhes.