Apenas esconder um arquivo não impede ninguém de acessá-lo. No Ubuntu e no Windows, os arquivos ocultos podem ser exibidos facilmente no navegador de arquivos gráficos e na linha de comando. No Ubuntu, o navegador de arquivos Nautilus mostrará esses arquivos se você for para View
> Show Hidden Files
(ou simplesmente pressione Ctrl + H ).
Se o problema é que você quer impedir que as pessoas leiam o conteúdo de um arquivo, mesmo que tenham acesso ao arquivo (o que inclui se ele roubou seu computador ou seu disco rígido), você deve usar criptografia; outras respostas aqui explicam algumas opções para isso.
Se o problema é que as partições NTFS são montadas no Ubuntu para que todos os usuários em seu sistema Ubuntu tenham acesso total a eles, e você deseja controlar o acesso a arquivos e pastas individuais em seu volume NTFS da mesma forma que são controlados. Windows, então o que você precisa fazer é montar sua partição NTFS com suporte para permissões NTFS.
Para aprender como fazer isso, veja esta resposta e esta documentação . É um pouco complicado, mas bastante factível. Se você tiver problemas, sinta-se à vontade para postar uma pergunta pedindo ajuda.