É verdade que o Notepad não é um bom editor e é basicamente culpa do Notepad. Mas o problema real é este: As extremidades de linha são armazenadas de maneira diferente entre os sistemas operacionais. Unix (Ubuntu) geralmente usa o símbolo "LF" e o Windows (Notepad também, por causa disso) "CR + LF". Você pode definir o fim da linha para CR + LF no Gedit (você precisa procurar a opção você mesmo, você deve encontrá-lo em algum lugar) e o Bloco de Notas ficará feliz. Mas a longo prazo você ficará mais feliz com o Notepad ++ ou acho que o Geany também roda no Windows.