Quando inicializado a partir da unidade USB, não deve ser removido . (Há uma exceção: se você usar a opção de inicialização toram
e não houver persistência na unidade USB, os dados do sistema da unidade USB serão copiados para a RAM e a unidade USB poderá ser desmontada e removida) .
Após uma instalação normal (em uma unidade interna), a unidade de instalação USB não é mais necessária. Se estiver montada, ela deve ser desmontada (ejetada, removida com segurança) e desconectada.
Dependendo de como a unidade de instalação USB foi criada, ela pode ou não ser usada para armazenar dados.
Uma unidade clonada possui o sistema de arquivos ISO 9660, que é somente leitura.
Outras alternativas tornam possível armazenar arquivos. Um caso especial é um live drive persistente , onde você pode armazenar arquivos, mas também instalar programas aplicativos.
Você pode até mesmo criar um sistema Ubuntu instalado em um pendrive USB, e ele se comportará como um sistema instalado em uma unidade interna (mas mais lento, dependendo da taxa de transferência de dados).
Como mencionado em outra resposta, você pode formatar o alias do pendrive para criar uma nova tabela de partição e um sistema de arquivos para restaurá-lo em uma unidade de armazenamento padrão .
Veja os links a seguir para mais detalhes,
Experimente o Ubuntu (Kubuntu, Lubuntu, Xubuntu, ...) antes de instalá-lo