Eu nunca vi um disco rígido externo incompatível com o Ubuntu. O trabalho do HDD mais externo é "plug & play". O software (ou crapware) entregue com o pacote pode não ser compatível, mas não importa.
O software entregue com esse HDD externo:
- software de criptografia, alternativa: LUKS
- SmartWare (software de backup?), alternativa: deja-dup (front-end de duplicidade)
- Em alguns casos, o software de particionamento está incluído, a alternativa seria GParted
Para aproveitar ao máximo, eu recomendo formatar a partição ext4 do Linux e o Windows NTFS. Você pode usar o GParted para isso.
O Ubuntu pode ser inicializado a partir de HDDs externos, você pode precisar habilitar a inicialização de drives USB em seu BIOS ou alterar a ordem de inicialização para fazer o HDD externo ser inicializado antes do interno.