Primeiro de tudo, todas as coisas fornecidas pelo fabricante do disco rígido, é "para a conveniência do usuário", que não é usado por algumas pessoas, porque alguns preferem usar backup e diagnóstico diferentes software, além daqueles fornecidos pelo fabricante, e algumas outras ferramentas estão enfrentando a mesma situação.
Para as ferramentas de diagnóstico fornecidas dentro do disco, sugiro que você faça um teste executando o software a partir de um local diferente e vamos ver se a unidade de disco rígido é encontrada pelo programa. Dessa forma, você pode ter certeza de que a unidade de disco rígido será manuseada pelos programas para diagnosticar quando os arquivos forem colocados de volta no disco. BTW: Essas ferramentas provavelmente oferecerão um melhor desempenho quando usadas em um sistema baseado em MS (Windows).
Bem, é um disco rígido. Com isso em mente, vamos levar em consideração que a maioria dos sistemas operacionais será capaz de alcançar os dados contidos nele. No entanto, o sistema de arquivos que você usa fornecerá um melhor desempenho apenas se o sistema operacional puder manipular os setores de alocação com facilidade, o que será definido no momento em que você criar as partições.
Quero dizer: não importa o que você coloca no disco, se o sistema operacional que você usa puder entender a tabela de partições que você faz, os dados estarão disponíveis.
No linux você pode acessar a maioria dos sistemas de arquivos que são criados por outros sistemas operacionais, no entanto, outros sistemas operacionais podem não entender todas as partições criadas pelo Linux (no exemplo: o Windows terá problemas para ler nativamente sistemas de arquivos ext4)
Sobre as partições, Na minha experiência, posso dizer que o particionamento fornece uma solução para os olhos para o usuário, que é apenas uma ilusão de ótica. Se você fizer várias partições, estará forçando os cabeçalhos a serem executados de um setor de dados de alocação para o MBR e de volta para um setor de dados de alocação diferente, o que não fornecerá um desempenho melhor do que o uso de uma única partição. As pessoas podem diferir comigo neste ponto, mas é isso que eu experimentei. Unidades de disco rígido com várias partições queimadas devido ao superaquecimento, situação que não é enfrentada pelo HDD de partição única.
Para arquivos grandes (10 a 20 GB), eu uso o NTFS. FAT pode não ser capaz de armazenar esses arquivos. E eu não testei no ext4 FS.
Sobre o seu último ponto: Eu li que há relatos de pessoas que dizem que o Windows 7 não lê sistemas de arquivos FAT, é melhor você reunir informações suficientes sobre isso antes de fazer este tipo de FS.
E boa sorte.