Demora um pouco de tempo para a Canonical processar as atualizações do Firefox e liberá-las. Por exemplo, o Firefox 49 foi lançado em 20 de setembro de 2016 para liberar os usuários do canal. Ele não apareceu como uma atualização nos meus sistemas até 22 de setembro de 2016.
(extrair do log do apt)
Start-Date: 2016-09-22 09:34:27
Upgrade: firefox-locale-en:amd64 (48.0+build2-0ubuntu0.14.04.1, 49.0+build4-0ubuntu0.14.04.1), [....] firefox:amd64 (48.0+build2-0ubuntu0.14.04.1, 49.0+build4-0ubuntu0.14.04.1),[....
Você não precisa fazer nada em seu sistema, a menos que passe muito tempo e a atualização não apareça. Você também pode verificar o ubuntuupdates.org para (não oficialmente) ver se o software foi liberado para o Ubuntu.
** Update - está nos repos a partir de 19/11/16