Ok, vamos explicar por que você recebe command not found . O que você está dizendo sudo fazer é executar o comando wget\ que não existe. Se você separar o wget de \ , verá que funcionará bem:
sudo wget \
https://raw.github.com/rstudio/shiny-server/master/config/upstart/shiny-server.conf \
-O /etc/init/shiny-server.conf
O mesmo acontece com a segunda linha. Se você quiser, pode fazer isso no oneliner removendo os retornos e a barra invertida ( \ ):
sudo wget https://raw.github.com/rstudio/shiny-server/master/config/upstart/shiny-server.conf -O /etc/init/shiny-server.conf
É por isso que não está funcionando