Eu tive o mesmo erro. Originalmente, pensei que era um erro em /etc/apt/sources.list , mas depois de executar um ping não apenas de security.ubuntu.com mas google.com , descobri que meu servidor estava se conectando à rede, mas não chegando fora da rede.
Eu editei /etc/network/interfaces e defini eth0 para DHCP em vez de estático. Eu então tive meu roteador cuidar de dar ao servidor um IP estático. Reinicie o servidor e tudo funcionando bem.
Você pode descobrir mais sobre as configurações de IP aqui .