Se você olhar um pouco de perto, o pacote no Debian sid é para a versão 2.4.14. O Ubuntu passou para a versão 2.6.x nesse meio tempo. O changelog tem uma nota sobre mongodb-dev :
- d/control,mongodb-dev.*: Drop mongodb-dev package; it has no reverse
dependencies and upstream no longer install header files.
Parece que o pacote não tem mais uso.