Você pode usar o --geometry charsxline+x+y para selecionar o tamanho e a posição de um programa, como o gnome-terminal. Ajuste o xey para consertar sua exibição, eles estão em pixels. Edite o arquivo /usr/share/applications/gnome-terminal.desktop adicionando a linha "Exec", por exemplo:
Exec=gnome-terminal --geometry 130x24+500+400
Salvar e sair.
Feche todos os terminais abertos existentes e os novos terão a geometria selecionada.