Não tenho certeza onde você está com a sua instalação do Ubuntu (existente ou apenas começando). O mais fácil é criptografar sua unidade completa no momento da instalação, como aqui . Se você tiver várias unidades, poderá criptografar as unidades adicionais posteriormente. Aqui é um Um writeup interessante que descreve como criptografar unidades adicionais, de modo que elas serão desbloqueadas quando você descriptografar sua unidade de login. Eu posso atestar que funcionou bem para mim com o Ubuntu 15.10.