Assumo que o ponto é transferir o conteúdo de magento para /var/www/html . Isto é, se tivéssemos:
magento
├── .bar
└── foo
Recebemos:
html
├── .bar
└── foo
Isso é chato, mas não é difícil, realizar isso com mv . Você teria que usar alguma forma de find ou habilitar dotglob no bash para incluir o .bar .
rsync é mais simples.
com find :
find magento -mindepth 1 -maxdepth 1 -exec mv -t /var/www/html {} +
Com dotglob no bash:
shopt -s dotglob
mv magento/* /var/www/html