Gephi não funciona com o Java 8, portanto, instale o Java 7:
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
sudo apt-get update
sudo apt-get install oracle-java7-installer
Se você não gostar do Oracle Java 7 como seu Java padrão, edite seu gephi.conf
in gephi/etc
nano gephi/etc/gephi.conf
e defina jdkhome
jdkhome="/usr/lib/jvm/java-7-oracle/"