Os contêineres LXC e o ambiente Juju precisam persistir por meio de uma reinicialização, portanto, tudo não está contido em um só lugar.
Primeiro, verifique se você destruiu o ambiente e se os contêineres não estão sendo executados. Em seguida, remova os seguintes arquivos e diretórios:
/etc/init/juju-*
/etc/lxc/auto/juju-*
/etc/rsyslog.d/25-juju*
/var/lib/juju/containers/*
/var/lib/lxc/juju-*
~/.juju/<env>
~/.juju/environments/<env>.jenv
Depois, você pode reinicializar com um ambiente limpo.
Em certos casos, você pode precisar listar, parar e destruir contêineres manualmente, antes de remover os arquivos do Juju.